Das NATURA 2000 Schutzgebietssystem im Biosphärenreservat umfasst derzeit sechs FFH-Gebiete. Teile davon sind gleichzeitig Europäisches Vogelschutzgebiet, Naturschutz- oder Landschaftsschutzgebiet. Darüber hinaus gibt es im Gebiet auch außerhalb der Schutzgebiete zahlreiche FFH-Lebensräume und FFH-Tier- und Pflanzenarten.

Im Biosphärenreservat Karstlandschaft Südharz kommen 20 FFH-Lebensraumtypen (Anhang I FFH-Richtlinie) und 13 FFH-Tier- und Pflanzenarten (Anhang II der FFH-Richtlinie, Vogelschutzrichtlinie) vor.

Signet Netzwerk NATURA 2000, Sachsen-Anhalt und Europäische Kommission